Статья «CТРУКТУРНЫЕ ОСОБЕННОСТИ ДНК НА ГРАНИЦАХ АМПЛИКОНОВ ПРИ АМПЛИФИКАЦИИ ГЕНА ERBB2 В КЛЕТКАХ ОПУХОЛИ РАКА МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ, "Молекулярная биология"»

В 25?30% случаев в клетках опухолей рака молочной железы (РМЖ) происходит амплификация фрагмента хромосомы вокруг гена ERBB2, что приводит к повышению экспрессии генов, располагающихся в данной области. Повышение экспрессии ERBB2 и ряда других генов, прилежащих к ERBB2, могут оказывать влияние не только на рост и развитие опухоли, но и на ее чувствительность к различным видам терапии. До сих пор не установлены причины возникновения амплификации, точные границы ERBB2-содержащих ампликонов, а также специфические последовательности на границе амплифицируемых районов. Мы предположили, что границы амплифицируемой области определяются не столько последовательностью нуклеотидов сколько структурной организацией ДНК в этом районе и провели исследование по установлению границ ERBB2-содержащих ампликонов при РМЖ и структурных особенностей ДНК на границах этих ампликонов. С помощью ПЦР в режиме реального времени оценена доза 10 генов, прилежащих к ERBB2, а также самого гена ERBB2 в 162 образцах опухолей РМЖ. Установлено несколько районов амплификации с границами внутри последовательности генов IKZF3 и RARA. С помощью биоинформатического анализа нуклеотидной последовательности в районе гена ERBB2 выявлены АТ-обогащенные участки с высокой степенью торсионной напряженности, способные формировать устойчивые вторичные структуры. Локализация идентифицированных сайтов совпадает с расположением границ ERBB2-содержащих ампликонов. Таким образом, показано, что границы ERBB2-содержащих ампликонов в опухолевых клетках РМЖ определяются структурными особенностями ДНК в этой области. Полученные результаты важны для понимания механизмов амплификации онкогенов.