Статья «НУКЛЕОТИДНОЕ РАЗНООБРАЗИЕ И НЕРАВНОВЕСИЕ ПО СЦЕПЛЕНИЮ ПОТЕНЦИАЛЬНО АДАПТИВНО-ЗНАЧИМЫХ ГЕНОВ Larix sibirica, "Генетика"»

Нуклеотидный полиморфизм генов, потенциально ответственных за адаптацию вида к широтному градиенту климатических условий, был изучен у лиственницы сибирской (Larix sibirica). Из числа исследованных ранее у Pseudotsuga menziesii были выбраны гены, изменчивость которых имеет признаки влияния отбора, или для которых была выявлена ассоциация с фенотипическими признаками, важными для адаптации к низким температурам и к географически гетерогенной среде обитания. Были разработаны специфичные для Larix ПЦР-праймеры и исследованы восемь генов, включая кодирующие и некодирующие регионы. Объем выборки составлял 123 мегагаметофитов в среднем на локус у L. sibirica и 16.2 ? у L. occidentalis, взятой в качестве внешней группы. Длина секвенированных фрагментов составляла 246?1700 пн. Нуклеотидный полиморфизм составлял в среднем 0.00536 (0.002?0.008), гаплотипическое разнообразие H_d: 0.822 (0.625?0.948). Статистика D была отрицательна во всех фрагментах, в трех ? значима, cтатистики D^* и F^* значимы в трех и четырех фрагментах, соответственно, а F_s ? в трех. Это может означать наличие стабилизирующего отбора по этим генам или популяционный рост после периода низкой численности. Тест HKA не выявил значимых отклонений от нейтральной модели эволюции ни для одного из генов. Параметр рекомбинации / = 0.28 был близок значению, полученному у P. menziesii. Для исследования ассоциации полиморфных сайтов (фактор) в данных восьми генах с географической широтой происхождения особи (признак) была использована обобщенная линейная модель (GLM), учитывающая вклад популяционной структуры. С учетом коррекции False Discovery Rate значимых ассоциаций обнаружено не было. Возраст расхождения американских и евроазиатских видов Larix на основе нуклеотидных различий по восьми генам между L. sibirica и L. occidentalis оценивается в 12 млн лет, что значительно моложе возраста самых древних находок лиственниц.