Статья «GENOME-WIDE IDENTIFICATION OF NOVEL microRNAs FROM GENOME SEQUENCES USING COMPUTATIONAL APPROACH IN THE MUDSKIPPER(BOLEOPHTHALMUS PECTINIROSTRIS), "Биоорганическая химия"»

Полногеномный поиск и идентификация вычислительными методами новых микроРНК в геномных последовательностях илистого прыгуна (Boleophthalmus pectinirostris). МикроРНК длиной в среднем 22 нуклеотида представляют собой некодирующие молекулы РНК, играющие важную роль в регуляции экспрессии генов. Они высококонсервативны среди живых организмов, что облегчает поиск новых микроРНК с помощью вычислительных методов, основываясь на гомологии геномов. До последнего времени репертуар микроРНК одного из наиболее важных видов аквакультуры Boleophthalmus pectinirostris не был изучен. К настоящему времени определены полногеномные последовательности B. pectinirostris, что позволило сконцентрироваться на вычислительном предсказании новых гомологов микроРНК данного вида. В результате применения ряда строгих критериев отбора впервые идентифицированы 62 потенциальных микроРНК; они принадлежат к 39 различным семействам микроРНК. Все обнаруженные микроРНК располагаются в области стебля стабильных структур типа “стебель-петля” (или шпилька). Минимальная свободная энергия (МСЭ) предсказанных микроРНК изменялась в пределах от -21.6 до -62.7 ккал/моль со средним значением -39.2 ккал/моль. Доля основания A + U изменялась в пределах от 32.5 до 69.1% со средним значением 52.2%. Филогенетический анализ предсказанных микроРНК показал, что miR-23a-3p, miR-184-3p, miR-214-5p и miR-338-3p B. pectinirostris высококонсервативны, и обнаружил высокую степень их гомологии с микроРНК других видов рыб. Отдельные микроРНК, представляющие 16 из 39 семейств, были подтверждены методом ОТ-ПЦР для структур типа стебля-петли, указывая на то, что использованный в работе вычислительный подход к идентификации микроРНК - это высокоэффективный и доступный метод. Полученные сведения задают точку отсчета для дальнейших исследований микроРНК в различных видах рыб. В то же время, наше исследование может быть использовано для лучшего понимания биологической роли микроРНК и функционирования генома B. pectinirostris.