Статья «MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION STUDY OF BINDING AFFINITY OF THIENO[2,3-6]BENZO[1,8]NAPHTHYRIDINE DERIVATIVES TO DNA, "Биоорганическая химия"»

Молекулярно-динамическое моделирование связывания производных тиено[2,3-й]бензо[1,8]нафтири-дина с ДНК. Изучение связывания молекул лекарственных препаратов с ДНК дает важную информацию для синтеза новых лекарств. Методами молекулярного докинга и молекулярно-динамического моделирования изучено связывание производных тиено[2,3-b]бензо[1,8]нафтиридина с ДНК. Результаты докинга показывают, что в случае стерических затруднений молекулы этих производных предпочитают располагаться в бороздках ДНК. В отсутствие пространственных затруднений молекулы интеркалируют между парами оснований Г-Ц и А-Т. Проведен анализ зарядов ограниченного электростатического потенциала (ОЭСП), среднеквадратичных отклонений (СКО) и полных потенциалов. Значения СКО и полных потенциалов показали, что все модели были стабильны в рамках MMGBSA анализа. Сродство к связыванию лекарственных препаратов было оценено методом MMGBSA. Термодинамический анализ показал, что сродство молекул, связывающихся с бороздками ДНК, ниже, чем сродство интеркалирующих препаратов. Была обнаружена линейная зависимость между зарядами в методе ОЭСП и предсказанными значениями ?G. Результаты показывают, что наибольшим сродством обладают молекулы с заместителями -OCH и -CH.