Статья «КОРРЕЛИРОВАННЫЙ ПОИСК МИШЕНЕЙ УРАЦИЛ-ДНК-ГЛИКОЗИЛАЗОЙ В ПРИСУТСТВИИ ОБЪЕМНЫХ АДДУКТОВ И ДНК-СВЯЗЫВАЮЩИХ ЛИГАНДОВ, "БИООРГАНИЧЕСКАЯ ХИМИЯ"»

Многие белки, узнающие редко встречающиеся мишени в ДНК (транскрипционные факторы, рестриктазы, ферменты репарации), ищут их при помощи одномерной диффузии по контуру ДНК. К числу таких белков относится урацил-ДНК-гликозилаза (Ung), удаляющая из ДНК основания урацила – продукты гидролитического дезаминирования цитозина. В работе исследована способность Ung к транслокации по ДНК в присутствии объемных ковалентных аддуктов (остатка флуоресцеина) или лигандов, блокирующих большую или малую бороздку ДНК. Показано, что остаток флуоресцеина достаточно сильно блокирует транслокацию по двуцепочечной ДНК, в то время как нековалентно связанные лиганды могут ингибировать реакцию расщепления ДНК, но слабо влияют на транслокацию. Способность урацил-ДНК-гликозилазы вести поиск мишеней в присутствии молекул, конкурирующих за связывание с ДНК, может иметь большое значение для эффективного протекания репарации ДНК в условиях клетки. Many proteins specific for rare targets in DNA, such as transcription factors, restriction endonucleases, and DNA repair enzymes, search for their targets by one-dimensional diffusion along DNA. One of such proteins is uracil–DNA glycosylase (Ung), which excises uracil bases formed by rare events of cytosine deamination. We have studied the ability of Ung to move along DNA with its path hindered by bulky DNA covalent adducts (fluorescein) or ligands blocking the major or minor DNA groove. The fluorescein adduct strongly inhibited translocation only along double-stranded DNA, whereas non-covalently bound ligands partly inhibited DNA cleavage but barely affected translocation. The ability of uracil–DNA glycosylase to search for its targets in the presence of molecules competing for DNA binding may be important for DNA repair in the intracellular environment. Keywords: uracil–DNA glycosylase, DNA target search, covalent DNA adducts, minor groove binders, triplex-forming oligonucleotides