Статья «IN VITRO-СЕЛЕКЦИЯ 2-F-МОДИФИЦИРОВАННЫХ РНК-АПТАМЕРОВ, ПРОНИКАЮЩИХ ВНУТРЬ БАКТЕРИАЛЬНЫХ КЛЕТОК PSEUDOMONAS AERUGINOSA, "БИООРГАНИЧЕСКАЯ ХИМИЯ"»

Инфекции бактериальной и вирусной природы являются основной причиной заболеваемости и смертности во всем мире. Разработка новых антибактериальных препаратов и средств диагностики патогенных микроорганизмов представляет собой чрезвычайно актуальную задачу. Перспективный путь ее решения состоит в использовании ДНК- и РНК-аптамеров, направленных на определенные бактерии. В работе предложен новый протокол отбора 2-фтор-РНК-аптамеров, способных проникать внутрь бактериальных клеток. Методом SELEX с использованием в качестве мишени для отбора культуры бактерий Pseudomonas aeruginosa получена обогащенная библиотека 2-фтор-РНК, проведено ее секвенирование и анализ данных. Показано, что центральный фрагмент преобладающей в библиотеке аптамерной последовательности совпадает с фрагментом 16S рРНК. Продемонстрирована способность полученного аптамера проникать в клетки P. aeruginosa. Высказано предположение о проникновении аптамеров в бактерии в виде гетеродимерных комплексов. Infectious diseases caused by bacterial or viral agents represent the major cause of human pathogenesis and mortality worldwide. A development of novel antibacterial therapeutics and diagnostic tools is a very acute task. The use of DNA and RNA aptamers targeted to certain bacteria could be a promising solution to this problem. Here, we propose a new protocol of selection of 2-fluoro RNA aptamers capable to internalize into bacterial cells. Using whole-cell SELEX against Pseudomonas aeruginosa, enriched 2-fluoro RNA library was obtained, and its sequencing and data analysis were fulfilled. It was found that the central region of predominating aptamer sequence is identical to the fragment of P. aeruginosa rRNA. A possibility of internalizing of this aptamer into bacterial cells is shown. It is hypothesized that aptamers could be internalized more effectively as heterodimeric complexes. Keywords: RNA aptamers, 2-fluoro RNA, in vitro selection, cell internalizing aptamers, antibacterial aptamers