Статья «Характеристика структуры и свойств углевод-связывающего белкового модуля семейства 6 ( CtCBM6A) альфа-L-арабинофуранозидазы из Clostridium thermocellum, "Биохимия"»

Ген, кодирующий углевод-связывающий белковый модуль типа А семейства 6 ( CtCBM6A ) из Clostridium ther- mocellum, был клонирован в вектор экспрессии pET-21a(+); белок был экспрессирован в клетках Escherichia coli BL-21(DE3) и очищен с помощью металлаффинной хроматографии. Молекулярная масса рекомбинантного Ct CBM6, определенная методом Ds-Na-ПААГ-электрофореза, составила 15 кДа. Изучение взаимодействия Ct CBM6A с растворимыми лигандами, такими как арабиноксилан ржи и ксилан овса спельта, методом аффинного гель-электрофореза показало, что равновесные константы связывания ( K _a) равны 40 и 26 л/г соответственно, а при определении методом флуоресцентной спектроскопии – 33 и 15 л/г. В то же время, связывание нерастворимого лиганда (арабиноксилан пшеницы) происходило с существенно более высоким сродством: K _a = 230 M ^–1, а емкость связывания ( N _o) составляла 11 мкмоль белка на 1 г полисахарида. Кривая плавления белка Ct CBM6A в отсутствие ионов кальция содержала максимум при 52°, который смещался к 58° в присутствии Ca ²⁺, что свидетельствовало о важности этих ионов для поддержания структуры белка при повышенной температуре. Гомологическое моделирование показало, что Ct CBM6A содержал характерное ядро, представляющее собой трехслойную ?-сендвич-структуру. Анализ полученной модели с помощью графика Рамачандрана свидетельствовал о том, что 89% аминокислотных остатков молекулы Ct CBM6A попадали в наиболее благоприятную область значений, 10% находились в дополнительной благоприятной области графика и 1% – в области высокого допущения, что свидетельствовало о конформационной стабильности модуля Ct CBM6A.