Статья «БЕЛКИ 40S СУБЧАСТИЦЫ РИБОСОМЫ ЧЕЛОВЕКА, УЧАСТВУЮЩИЕ В СВЯЗЫВАНИИ IRES-ЭЛЕМЕНТА РНК ВИРУСА ГЕПАТИТА С ПО ДАННЫМ ФЛУОРЕСЦЕНТНОГО МЕЧЕНИЯ, "Биохимия"»

Инициацию трансляции геномной РНК (гРНК) вируса гепатита С (HCV) обеспечивает высокоструктури- рованный участок в ее 5'-нетранслируемой области, т.н. внутренний сайт входа рибосомы (IRES). В насто- ящей работе проведено зондирование экспонированных NH2-групп белков в 40S субчастицах рибосом че- ловека и в их бинарных комплексах с РНК-транскриптами, соответствующими полноразмерному HCV IRES и его фрагментам, с использованием N-гидроксисукцинимидного производного флуоресцентного красителя Cy3. С помощью сравнения эффективностей модификации рибосомных белков этим производ- ным в свободных субчастицах и в составе бинарных комплексов субчастиц с указанными РНК транскрип- тами установлены рибосомные белки, участвующие в связывании HCV IRES. Показано, что связывание 40S субчастиц с РНК-транскриптом, соответствующим полноразмерному HCV IRES, приводит к снижению уровней модификации рибосомного белка (rp) S27 и, в меньшей степени, rpS10; кроме того, выявлено за- метное снижение эффективности мечения в группе белков RACK1/S2/S3a. Установлено, что при делеции фрагмента HCV IRES, содержащего начальную часть открытой рамки считывания (ORF) гРНК вируса, уро- вень модификации rpS10 становился таким же, как в изолированных субчастицах; уровни модификации rpS27 и группы белков RACK1/S2/S3a практически не изменялись по сравнению с уровнем, наблюдаемым в комплексе 40S субчастиц с полноразмерным HCV IRES. Показано, что связывание 40S субчастиц с фраг- ментом HCV IRES, в котором отсутствовали ORF и домен II, приводило к повышению уровня модифика- ции в группе белков RACK1/S2/S3a, при этом эффективность мечения rpS10 и rpS27 оставалась такой же, как при делеции фрагмента ORF. При сопоставлении полученных результатов с известными структурными и биохимическими данными об организации 40S субчастиц и расположении на них HCV IRES выявлены структурные элементы IRES, контактирующие с экспонированными остатками лизина упомянутых выше рибосомных белков. Установлено, что большинство экспонированных остатков лизина в rpS27 участвует в связывании района HCV IRES, образованного сочленением спиралей субдоменов IIIa, IIIb и IIIc с цент- ральным стеблем домена III, и что часть остатков лизина в rpS10 вовлечена в связывание района HCV IRES, соответствующего начальному участку ORF гРНК вируса. Сделан вывод, что остатки лизина rpS3a прини- мают участие в связывании доменов II и III HCV IRES.