Статья «Оценка экспрессии генов гексокиназ при колоректальном р аке с применением методов биоинформатики, "Биофизика"»

Одной из универсальных особенностей злокачественных новообразований является нарушение энергетического обмена, главным образом, активация гликолиза, которая происходит уже на ранних стадиях развития рака, в том числе вследствие увеличения экспрессии гексокиназ, преимущественно HK1 и HK2. При колоректальном раке, занимающем третье место в структуре заболеваемости и смертности от онкологических заболеваний в мире, традиционно выделяют повышение экспрессии HK2, которое рассматривают в качестве маркера неблагоприятного прогноза. C использованием разработанного авторами программного приложения CrossHub проведен анализ данных RNA-Seq проекта The Сапсег Genome Atlas (крупнейшего ресурса в области молекулярной онкологии, собравшего геномные, транскриптомные и метиломные данные для тысяч образцов более чем 20 видов рака), который, напротив, показал преимущественно снижение уровня мPНК гена HK2 и незначительные изменения для гена HK1. Данные транскриптомного анализа для колоректального рака (283 образца опухоли и 41 образец условно нормальной ткани) согласовались с результатами дальнейшей экспериментальной оценки уровня экспрессии генов гексокиназ методом количественной полимеразной цепной реакции. Повышение уровня мPНК генов HK1 и HK2 выявлено лишь в небольшой доле образцов: 12% для HK1 и 30% для HK2. При этом обнаружено снижение уровня мPНК гена HK2 в 50% случаев. Корреляционный анализ показал согласованность в изменениях экспрессии генов HK1 и HK2 (коэффициент ранговой корреляции Спирмена r _s = 0,43, р < 0,01), что может объясняться общими механизмами дерегуляции этих генов в колоректальных опухолях. Уровень экспрессии гена HK3 существенно повышался в 60% образцов, и, по-видимому, именно гексокиназа 3 вносит значительный вклад в активацию гликолиза при колоректальном раке.