Войти / Регистрация
Корзина

  • Ваша корзина пуста
Войти / Регистрация
Корзина

  • Ваша корзина пуста

Статья «Эффективный алгоритм картирования прочтений на геномный граф с использованием индекса, основанного на хэш-таблицах, и динамического программирования, "Биофизика"»

Авторы:
  • Петров С. Н.1
  • Урошлев Л.А.2
  • Касьянов А.С.3
  • Макеев В.Ю.4
стр. 421-429
Платно
1 Казанский федеральный университет, 2 Институт молекулярной биологии им. В .А. Энгельгардта РАН, 3 Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН; Московский физико-технический институт (Государственный университет), 4 Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН
  • В выпуске: №3, 2018, Том 63
  • В журнале: Биофизика
  • Издательство: ФГУП «Издательство «Наука»
  • Рубрика ГРНТИ: Физика
  • Год выхода: 2018
  • SDI: 007.001.0006-3029.2018.063.003.1
  • УДК: 577.3
Ключевые слова:
  • геномные гpафы
  • гpафы ваpиаций
  • каpтиpование
  • genome graph
  • variance graph
  • alignment
  • mapping
Аннотация:
Решается задача хранения последовательностей ряда близкородственных геномов и анализа геномных вариаций. Для хранения совпадающих участков последовательностей и известных вариантов используется геномный граф, имеющий структуру ациклического направленного графа. Для выравнивания на геномный граф индивидуальных фрагментов нуклеотидных последовательностей разработан алгоритм быстрого картирования прочтений на геномный граф. Алгоритм сочетает быстрый поиск с помощью хэш-таблиц с алгоритмом динамического программирования и решает проблему экспоненциального роста количества путей на графе. Разработана р еализация геномного графа и алгоритма выравнивания прочтений. П роведено сравнение с наиболее известными программами, имеющими сходный функционал.

Архивные статьи (2015 год и ранее) доступны для ознакомления бесплатно, для скачивания их необходимо приобрести. Для просмотра материалов необходимо зарегистрироваться и авторизоваться на сайте.

Чтобы приобрести доступ к материалу для юридического лица, пожалуйста, свяжитесь с администрацией портала с помощью формы обратной связи либо по электронному адресу libnauka@naukaran.com.  

Действия с материалами доступны только авторизованным пользователям.  

 

* - цена актуальна только для физических лиц
В т.ч. НДС 20%