Войти / Регистрация
Корзина

  • Ваша корзина пуста
Войти / Регистрация
Корзина

  • Ваша корзина пуста

Статья «ВЫВОД СХЕМЫ РЕГУЛЯЦИИ ФАКТОРОВ ТРАНСКРИПЦИИ ИЗ КОВАРИАЦИИ ГЕННОЙ ЭКСПРЕССИИ НА ПРИМЕРЕ ЕСТЕСТВЕННЫХ ПОПУЛЯЦИЙ , "Биофизика"»

Авторы:
  • Осман Н.М.1
  • Китапчи Т.Х.2
  • Влахо С.3
  • Вундерлих З.4
  • Нуждин С.В.5
стр. 54-77
Платно
1 Университет Южной Калифорнии; Национальный исследовательский центр, 2 Университет Южной Калифорнии, 3 Университет Южной Калифорнии, 4 Университет Калифорнии, 5 Университет Южной Калифорнии; Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого
  • В выпуске: №1, 2018, Том 63
  • В журнале: Биофизика
  • Издательство: ФГУП «Издательство «Наука»
  • Рубрика ГРНТИ: Физика
  • Год выхода: 2018
  • SDI: 007.001.0006-3029.2018.063.001.7
  • УДК: 577.3
Ключевые слова:
  • Drosophila melanogaster
  • генные регуляторные сети
  • факторы транскрипции
  • Drosophila melanogaster
  • gene regulatory networks
  • transcription factors
Аннотация:
Генные регуляторные сети контролируют сложные программы, которые управляют развитием. Расшифровка связи между факторами транскрипции и генами-мишенями является сложной задачей отчасти потому, что факторы транскрипции связываются с тысячами мест в геноме, но контролируют экспрессию через подмножество этих случаев связывания. Мы предполагаем, что можем объединить естественное изменение уровня экспрессии и предсказание сайтов связывания факторов транскрипции, чтобы идентифицировать цели этих факторов. Мы собрали данные РНК-секвенирования из 71 генетически различных эмбрионов Fl Drosophila melanogaster и рассчитали корреляции между факторами транскрипции и уровнями экспрессии потенциальных генов-мишеней, которые мы назвали «регуляторная сила». Для того чтобы отделить прямые и косвенные мишени факторов транскрипции, мы предположили, что прямые мишени будут иметь перевес сайтов связывания в их восходящих регионах. Использовав 14 факторов транскрипции, активных во время эмбриогенеза, мы обнаружили, что 12 факторов транскрипции показали существенную корреляцию между их силой связывания и регуляторной силой на нисходящих мишенях, и 10 факторов транскрипции показали существенную корреляцию между числом сайтов связывания и регуляторной силой на генах-мишенях. Основные функции, например работа гена bicoid в качестве активатора, и специфические взаимодействия, которые мы наблюдали между нашими факторами транскрипции, например работа гена twist как репрессора генов sloppy paired и odd paired, как правило, совпадают с литературными данными.

Архивные статьи (2015 год и ранее) доступны для ознакомления бесплатно, для скачивания их необходимо приобрести. Для просмотра материалов необходимо зарегистрироваться и авторизоваться на сайте.

Чтобы приобрести доступ к материалу для юридического лица, пожалуйста, свяжитесь с администрацией портала с помощью формы обратной связи либо по электронному адресу libnauka@naukaran.com.  

Действия с материалами доступны только авторизованным пользователям.