Статья «ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ ВАКЦИННОГО СУБШТАММА BCG RUSSIA В КОНТРОЛЕ ПРОИЗВОДСТВА И ПОСТВАКЦИНАЛЬНЫХ ОСЛОЖНЕНИЙ, "Вестник Центрального научно-исследовательского института туберкулеза"»

Введение БЦЖ (Бацилла-Кальмета-Герена) вакцина - единственная разрешенная к применению, позволяющая противостоять Mycobacterium tuberculosis. Разработка международных требований к производству и контролю БЦЖ вакцины находится под контролем экспертного комитета ВОЗ по биологической стандартизации (Expert Committee on Biological Standardization, ECBS). В 2009 г. ECBS учредил референсы ВОЗ для БЦЖ вакцины на основе трех субштаммов: Danish1331, Tokyo 172-1 и Russian BCG-I, а также требования к контролю, включающие генетическую характеристику произведенных и посевных серий вакцинного субштамма. Согласно требованиям ВОЗ и надлежащей производственной практики (GMP) было выполнено секвенирование трех посевных серий BCG Russia на платформе 454 Roche в нашей лаборатории. БЦЖиты (лимфадениты, остеомиелиты - осложнения при вакцинации БЦЖ) составляют 1% у здоровых реципиентов, однако занимают третье место среди поствакцинальных осложнений в Российской Федерации. Цель наших исследований заключалась в выявлении генетических особенностей субштамма BCG Russia для разработки экспресс-типирования при осложнениях. Методы Полногеномное секвенирование на платформе 454 Roche. MIRU-VNTRplus database для анализа отличий в профилях BCG субштаммов. Набор биоинформационных ресурсов для аннотирования и исследования геномов. Результаты Геном BCG Russia 368 был секвенирован и депонирован в GenBank (Accession Number NZ_CP009243.1). Сравнение геномов последней генерации субштамма и двух предшествующих продемонстрировало стабильность субштамма BCG Russia. Отличие от ближайшего раннего субштамма BCG Tokyo 172 включало 2 RD (region of difference): инсерцию 22 bp и делецию 1602 bp, десять ins/del (1-9 bp) и 52 SNP. Профиль выявленных профагов в геномах M. bovis и M. bovis BCG отражал эволюцию вакцинных субштаммов. Геномы M. bovis содержали профаги 7.5 и 20.3 kb, ранние BCG субштаммы имели профаги 7.5 and 11.2 kb. Большинство поздних субштаммов утратило профаг 11.2 kb. Исключение составили BCG Montreal and BCG Tice, в геномах которых выявлено 6 и 15 профагов, соответственно. Анализ 27 MIRU-VNTR локусов в геноме BCG Russia 368, их сравнение с профилями локусов штаммов M. bovis и BCG субштаммов в MIRU-VNTRplus database позволили обосновать специфичность семи локусов для субштамма BCG Russia. Мы выбрали Mtub21 и Mtub04 - локусы без повторов в геноме BCG Russia, Mtub-30, QUB-26, QUB-323222 -наиболее вариабельные среди M. bovis и M. bovis BCG, и VNTR-3820 и VNTR-4120 как гипервариабельные локусы. Фрагмент анализ этих локусов позволит провести экспресс тестирование при БЦЖитах. Заключение Полногеномное секвенирование - успешный подход в сравнении близкородственных субштаммов и в выявлении специфических локусов для диагностической панели.