Статья «Планарные внутримолекулярные структуры помогают конструировать пептиды, связывающиеся белками MHC, класс II, "Молекулярная биология"»

Взаимодействие пептидов и белков MHC-II в иммунной системе человека понятно недостаточно хорошо. В данной работе представлена основанная на доказательствах гипотеза о направляющей межмолекулярной силе, присутствующей в каждом белке MHC-II человека (HLA-II). Ранее мы изучали пространственное положение полностью консервативных остатков во всех типах этих белков. В каждом случае выявлены постоянные плоскостные паттерны. Эти внутримолекулярные плоскости состоят из идентичных аминокислотных групп (например, Gly), распределенных по всей белковой последовательности. Каждая аминокислотная плоскость обладает собственной уникальной ориентированностью, и этот ориентационный элемент определяет пространственную селективность. Кроме того, постоянным для всех этих плоскостей оказалось также наличие ароматического остатка, обладающего подвижными электронами, что привело авторов к выводу, что эти плоскости генерируют электромагнитные поля, которые могут притягивать другие молекулы в одном определенном направлении. Избирательность взаимодействия и притяжение между молекулами HLA-II и антигенными пептидами, следовательно, скорее всего неслучайны и приводят в конечном счете к формированию механизма взаимодействия, достаточно эффективного и быстрого для соответствия требованиям иммунного ответа. На основе проекций плоскостей на антиген-связыва-ющую щель HLA-II сделаны модификации путем замены ключевых остатков в пептиде инвариантной цепи, ассоциированной с классом II (пептиде с универсальной аффинностью связывания), что привело к получению восьми разных модифицированных пептидов с большей аффинностью. Точное и надежное предсказание MHC-II-связывающих пептидов может облегчить дизайн пептидов для универсальных вакцин с улучшенными связывающими свойствами. Кроме того, в статье описаны предложенные механизмы селекции, притяжения и взаимодействия между HLA-II и антигенными пептидами.