Статья «СКРИНИНГ ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНО ЭКСПРЕССИРУЕМЫХ микроРНК, ИМЕЮЩИХ ОТНОШЕНИЕ К РАСТЯЖЕНИЮ МЫШЦ, И ИХ ГЕНОВ-МИШЕНЕЙ, "Молекулярная биология"»

Растяжение мышц ? одна из самых распространенных мышечных травм, с которой сталкиваются практикующие врачи. С целью лучше понять причины этого недуга мы идентифицировали дифференциально экспрессируемые микроРНК (miРНК) в мышечных стволовых клетках, полученных из поврежденных тканей мышей. В данной работе из банка данных Gene Expression Omnibus взяты результаты анализа экспрессии генов (GSE26780) на микрочипах. Набор данных содержал в сумме 12 образцов (мышечные стволовые клетки мышей), в том числе нормальные клетки для контроля и образцы, полученные спустя различное время после повреждения. Дифференциально экспрессируемые miРНК идентифицировали с использованием пакета программ LIMMA (Linear Models for Microarray Data) и затем с помощью TargetScan нашли гены-мишени miРНК mmu-miR-143. Далее с использованием инструмента KUPS сконструировали сеть белок-белковых взаимодействий для продуктов этих генов-мишеней. И наконец, программа Cytoscape и ее плагины были использованы для идентификации и анализа частей этой сети. Обнаружено 121, 136 и 148 дифференциально экспрессируемых miРНК в образцах поврежденных тканей в каждой временной точке, и среди них 60 дифференциально экспрессируемых miРНК перекрывались во всех трех группах. Среди этих miРНК наиболее значительно изменялся уровень экспрессии mmu-miR-143 в диапазоне 36?72 ч после повреждения. Выявлено 510 генов-мишеней mmu-miR-143 и сконструирована сеть взаимодействий для продуктов этих генов. В этой сети выделено два модуля. Учитывая данные более ранних исследований, мы предположили, что вошедшие в модуль B белки, большая часть которых представлена коллагенами и интегринами, скорее всего, принимают участие в заживлении растяжений через процессы клеточной адгезии.