Статья «ИОНЫ Mg2+ ВЛИЯЮТ НА СТРУКТУРУ ЦЕНТРАЛЬНОГО ДОМЕНА 18S рРНК ВБЛИЗИ УЧАСТКА СВЯЗЫВАНИЯ РИБОСОМНОГО БЕЛКА S13, "Молекулярная биология"»

Известно, что ионы Mg²⁺ при их высокой концентрации стабилизируют структуру 16S рРНК в конформации, благоприятной для связывания рибосомных белков при сборке 30S субчастиц рибосом эубактерий in vitro. Влияние ионов Mg²⁺ на формирование структуры 18S рРНК при сборке 40S субчастиц остается пока мало исследованным. В настоящей работе показано, что последовательное повышение концентрации ионов Mg²⁺ от 0.5 до 20 мМ приводит к значительному понижению сродства рекомбинантого рибосомного белка S13 человека (rpS13е) к РНК-транскрипту, соответствующему фрагменту центрального домена 18S рРНК (18SCD). Определены районы 18SCD вблизи участка связывания rpS13e (включающего нуклеотиды спиралей Н20 и Н22), доступность которых гидроксил-радикалам зависит от концентрации ионов Mg²⁺. Установлено, что при увеличении концентрации ионов Mg²⁺ доступность нуклеотидов G933?C937 и C1006?A1009 в спирали Н22 повышается, а нуклеотидов А1023, А1024 и С1026?А1028 в спирали Н20 понижается. Путем сравнения полученных результатов с кристаллографическими данными о структуре центрального домена 18S рРНК в 40S субчастице рибосомы Saccharomyces cerevisiae установлено, что при увеличении концентрации ионов Mg²⁺ происходит переориентация спиралей Н20 и Н24 относительно Н22 и Н23, приводящая к образованию структуры, в которой эти спирали расположены так же, как в 40S субчастице. Следовательно, насыщение центрального домена 18S рРНК координированными ионами Mg²⁺ вызывает такие же изменения его структуры, как и связывание rpS13e, что приводит к понижению сродства этого домена к данному белку.