Статья «Релаксационная модель идеального фолдинга в однородно вязкой среде, "Биофизика"»

Методами теории стохастической динамики исследована проблема формирования пространственной структуры взаимодействующих узлов модельной полимерной цепи. Формулируется вариационный принцип для элементарных смещений и скоростей конформационных движений и его следствия для процесса сворачивания полимерной цепи в вязкой среде. Результатом является максимально плавное снижение потенциальной энергии системы при конформационной релаксации (принцип начинающего горнолыжника), что согласуется с принципом минимальной диссипации энергии для кинетики в слабонеравновесных системах. Предсказания модели согласуются с результатами молекулярного моделирования аналогичных систем. Обсуждается взаимосвязь между строением многомерной поверхности потенциальной энергии и кинетикой фолдинга. Развивается модель параболической энергетической воронки, формируемой невалентными взаимодействиями узлов цепи. Релаксационная кинетика фолдинга для параболической модели энергетической воронки является практически экспоненциальной.