Войти / Регистрация
Корзина

  • Ваша корзина пуста
Войти / Регистрация
Корзина

  • Ваша корзина пуста

Статья «Запрещенные конформации полипептидной цепи на примере ?-изгиба ?-шпильки в SH3-домене а-спектрина, "Биофизика"»

Авторы:
  • Урошлев Л.А.1
  • Торшин И.Ю.2
  • Батяновский А.В.3
  • Есипова Н.Г.4
  • Туманян В.Г.5
стр. 5-14
Платно
1 Институт молекулярной биологии им. В .А. Энгельгардта РАН, 2 Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, 3 Институт биофизики клетки и клеточной инженерии НАН Беларуси, 4 Институт молекулярной биологии им. В .А. Энгельгардта РАН, 5 Институт молекулярной биологии им. В .А. Энгельгардта РАН
  • В выпуске: №1, 2015, Том 60
  • В журнале: Биофизика
  • Издательство: ФГУП «Издательство «Наука»
  • Рубрика ГРНТИ: Физика
  • Год выхода: 2015
  • SDI: 007.001.0006-3029.2015.000.001.5.14
  • ISSN: 0006-3029
Ключевые слова:
  • SU3-домен
  • запрещенные конформации
  • b-изгиб
  • SH3 domain
  • Disallowed conformations
  • P-turn
  • conformational analysis
  • конформационный анализ
Аннотация:
Приводятся результаты исчерпывающего конформационного анализа 0-изгибов, содержащих аминокислоту с запрещенной конформацией остова полипептидной цепи. Известно, что для первого остатка ?-изгиба (Asn47) дистальной ?-шпильки SH 3-домена ?-спектрина характерна стерически запрещенная конформация основной цепи (значения двугранных углов Ф и Т находятся в правом нижнем квадранте карты Рамачандрана). Были проанализированы все структуры ?-спектринов из банка PDB, содержащие аномальные элементы. Предложена идея, заключающаяся в том, что формирование запрещенной конформации обусловлено фиксацией (за счет структуры SH 3-домена) примыкающих к ?-изгибу аминокислотные остатков ?-структуры. Эти остатки ориентированы таким образом, что конформация остатков ?-изгиба должна задействовать именно запрещенную локальную конформацию этого остатка, в то время как любые другие конформации ?-изгиба (которые бы имели разрешенную локальную конформацию) невозможны. С целью доказательства правомерности данной идеи проведен конформационный анализ ?-изгиба путем варьирования всех внутренних координат (две пары углов Ф и ? и два угла ?). В результате полного перебора по сетке с шагом 1° были отобраны конформации, соответствующие стереохимически допустимым локальным деформациям сегмента полипептдной цепи, входящего в ?-изгиб. Установлено, что во всех полученный конформациях локальная конформация Asn47 оставалась в запрещенной области. Выявленные конформации включают экспериментально определенную структуру из банка PDB, а также дополнительный вариант, отличающийся от экспериментально установленный структур значениями пары углов Ф и ? второго остатка, принадлежащего ?-изгибу. Значения этих углов попадают в область карты Рамачандрана вблизи линии Ф = 0 при отрицательные значениях ?, т.е. на запрещенную область, в которой не наблюдается экспериментальные точек. Таким образом, сформулированная идея, состоящая в том, что запрещенная конформация «навязывается» ?-изгибу фиксацией примыкающих к нему остатков, подтверждается результатами проведенные вычислений. Топологические ограничения в контексте структуры в такого типа 0-шпильках исключают разрешенные локальные конформации.

Архивные статьи (2015 год и ранее) доступны для ознакомления бесплатно, для скачивания их необходимо приобрести. Для просмотра материалов необходимо зарегистрироваться и авторизоваться на сайте.

Чтобы приобрести доступ к материалу для юридического лица, пожалуйста, свяжитесь с администрацией портала с помощью формы обратной связи либо по электронному адресу libnauka@naukaran.com.  

Действия с материалами доступны только авторизованным пользователям.  

 

* - цена актуальна только для физических лиц
В т.ч. НДС 20%