Статья «ДНК С ОБЪЕМНЫМИ ПОВРЕЖДЕНИЯМИ В ОБЕИХ ЦЕПЯХ МОЛЕКУЛЫ КАК СУБСТРАТЫ СИСТЕМЫ ЭКСЦИЗИОННОЙ РЕПАРАЦИИ НУКЛЕОТИДОВ, "Молекулярная биология"»

Созданы модельные ДНК, содержащие в обеих цепях объемные повреждения, и проанализированы их свойства как субстратов системы эксцизионной репарации нуклеотидов (ЭРН). В качестве повреждений в первой цепи использованы модифицированный нуклеозид 5-[3-(4-азидо-2,3,5,6-тетрафторбензамидо)-1-пропоксипропинил]-2?-дезоксицитидин (dCFAB) или ненуклеозидная вставка N-[6-(9-антраценилкарбамоил)гексаноил]-3-амино-1,2-пропандиол (nAnt), введенные в постоянную (“0”) позицию, находящуюся в середине цепи ДНК. Позицию N-[6-5(6)-флуоресцеинилкарбамоил)гексаноил]-3-амино-1,2-пропандиола (nFlu) варьировали в пределах участка второй цепи ДНК, расположенного напротив способного к удалению поврежденного фрагмента первой (позиции -20, -10, -4, 0, +3 и +8 по отношению к первому повреждению). Показано, что присутствие nFlu в позициях -4, 0 или +3 второй цепи заметно снижает термостабильность ДНК-дуплексов, особенно в случае nAnt-ДНК, и полностью исключает возможность удаления системой ЭРН поврежденных фрагментов из всех dCFAB- и nAnt-содержащих 137-звенных ДНК с таким расположением второго повреждения. Введение nFlu в позиции -20, -10 и +8 по-разному влияет на эффективность удаления dCFAB- и nAnt-содержащих участков из первой цепи ДНК. Эффективность удаления dCFAB-содержащих фрагментов из протяженных ДНК с двумя повреждениями столь же высока, как из ДНК с одиночным повреждением, в то время как удаление nAnt-содержащих фрагментов происходит на 80-90% менее эффективно. Появление nFlu также по-разному влияет на взаимодействие сенсорного димера XPC-HR23B с dCFAB- и nAnt-содержащими ДНК-дуплексами, однако во всех случаях это взаимодействие происходит более эффективно, чем взаимодействие XPC-HR23B с ДНК-дуплексом, содержащим одно повреждение. Отсутствие прямой корреляции между такими свойствами, как термостабильность ДНК-дуплекса и сродство XPC-ДНК, с эффективностью удаления повреждений может быть обусловлено функциональными особенностями мультипротеиновых комплексов, участвую­щих в распознавании и верификации повреждения в процессе ЭРН, а также их чувствительностью к структуре повреждения и окружающей его ДНК. Полученные результаты важны для понимания механизма удаления системой ЭРН объемных повреждений, расположенных в обеих цепях ДНК.